Президент России Борис Ельцин и его эстонский коллега Леннарт Мери подписали 26 июля 1994 года договор "О выводе Вооруженных сил Российской Федерации с территории Эстонской Республики и условиях их временного пребывания на ее территории".
В Эстонии принято считать, что президент Ельцин не хотел выводить войска, поскольку он и его команда были "настроены империалистически". Но в действительности Москву беспокоила судьба российских военных пенсионеров и членов их семей, проживающих в Эстонии.
Переговорный процесс Эстонии с Россией начался еще во времена СССР. После его развала переговоры с Эстонией по поводу вывода с ее территории уже российский войск продолжила в 1992 году делегация РФ, которая возглавлялась послом по особым поручениям Василием Свириным. Он увязал вопрос о выводе войск с вопросом о будущем статусе военных пенсионеров.
Россия придавала большое значение этим переговорам, однако Эстония буквально "выжимала" из нее решение, всячески стараясь ускорить вывод российских войск, которых на эстонской территории было на тот момент уже относительно немного. Желая ускорить процесс, власти Эстонии использовали всяческие инструменты провокаций, в том числе нападения на российских военнослужащих и угрозы в адрес членов их семей со стороны эстонских военных и парамилитарных формирований.
В таких непростых условиях происходило "ускорение" вывода российских войск, о котором сегодня пишут эстонские журналисты, в большинстве своем абсолютно не знакомые с данной проблемой. По воспоминаниям президента Российской ассоциации прибалтийских исследований Николая Межевича, Москва исходила из того, что вывод войск неизбежен, и никаких иллюзий по этому поводу не испытывала.
Как и было оговорено в Москве, последние российские военные оставили Эстонию 31 августа 1994 года.