Черноморский флот был основан в 1783 году по указу императрицы Екатерины II после присоединения к Российской империи Крыма. В XXI веке он снова сыграл решающую роль при возвращении Крыма России.
Если к году основания в его состав входили только 11 кораблей Азовской флотилии, то к началу распада советского союза в 1991 году Черноморский флот включал в себя уже 835 кораблей и судов практически всех существующих классов.
В это число входили 28 подводных лодок, 2 противолодочных крейсера, 6 ракетных крейсеров и больших противолодочных кораблей I ранга, 20 больших противолодочных кораблей II ранга, эсминцев и сторожевых кораблей II ранга, около 40 сторожевых кораблей, 30 малых ракетных кораблей и катеров, около 70 тральщиков, 50 десантных кораблей и катеров. Кроме того, в составе флота находилось более 400 самолетов и вертолетов морской авиации.
Во флоте служили около 100 тысяч человек личного состава и 60 тысяч рабочих и служащих.
В организационную структуру флота к этому моменту входили 2 дивизии кораблей (противолодочных и десантных), 1 дивизия подводных лодок, 2 дивизии авиации (истребительная и морских ударных ракетоносцев), 1 дивизия береговой обороны. Кроме того, в структуре флота были десятки бригад, отдельных дивизионов, полков и частей. Ежегодно через черноморские проливы выходило в Средиземное море и мировой океан до ста боевых кораблей и судов.
Корабли Черноморского флота располагались не только в Крыму, но по всему побережью Черного моря, на границах России, Украины, Молдавии и Грузии. Базы находились в Севастополе, Керчи, Новороссийске, Черноморском, Измаиле, Одессе и Киеве.
В 1991 году, когда начался "парад суверенитетов" бывших советских республик, Верховный Совет Украины решил подчинить себе Черноморский флот. Хотя он мог свой потенциал реализовать лишь при сохранении единства его структуры внутри России, было решено разделить флот между Россией и Украиной.
После раздела советского Черноморского флота в 1995-м году под юрисдикцию Украины перешли 138 различных судов, большая часть которых была списана и продана на металлом.
Показателем состояния украинской части флота стал шторм в Севастополе 11 ноября 2007 года: военные суда не были вовремя поставлены на защищенные стоянки. Во время разгула стихии корабль управления "Славутич" был протаранен корветом "Винница", а затем и буксиром. Еще один корабль управления "Донбасс" носило по волнам как щепку, пока ему не помог российский буксир.
Через два года, в 1997 году, главы правительств России и Украины встретились в Киеве. В рамках подготовки к подписанию "Большого договора" о дружбе и сотрудничестве между Россией и Украиной они подписали соглашения по Черноморскому флоту, о численности лично состава, о разделе кораблей и об аренде земельных участков, занимаемых объектами флота. По соглашению, численность российских военных не должна была превышать 25 тысяч человек. Россия получила 338 кораблей, а также 106 самолетов и вертолетов. Украине достались 30 боевых кораблей, одна подводная лодка, 28 судов обеспечения, всего – 67 единиц. Кроме того она получила 90 боевых самолетов.
Россия также платила Украине аренду в размере почти 100 миллионов долларов в год. Срок пребывания Черноморского флота России на территории Украины изначально определялся до 28 мая 2017 года, но в 2010 году президенты России Медведев и Украины Янукович подписали Харьковские соглашения, которые продлевали срок аренды пунктов базирования Черноморского флота в Крыму еще на 25 лет до 2042 года.
После проведения референдума о возвращении Крыма в состав России 16 марта 2014 года, Черноморский флот в Севастополе перешел под юрисдикцию России. Харьковские соглашения были денонсированы Российской Федерацией. Большинство базировавшихся в Крыму кораблей ВМС Украины перешли на сторону России и подняли Андреевские флаги.