Крона появилась в непростое для Эстонии время. После установления независимости экономика разваливалась буквально на глазах, страна нуждалась в фундаментальных экономических реформах, в частности – во введении собственной валюты. Решили сразу вводить полноценную денежную единицу, без каких-либо переходных форматов. Ей стала крона, которую ввели в обращение 20 июня 1992 года.
Сначала эстонскую крону привязали к немецкой марке в соотношении 8 к 1, а затем к евро. Это позволило Эстонии решить множество проблем: нормализовалось функционирование банковской системы, наладился поток зарубежных инвестиций. В 2004 году Эстония первой из стран Прибалтики была принята в ЕС.
Одна крона представляла собой монету, полностью соответствовавшую немецкой марке по цвету и содержанию металлов, хотя номинальная стоимость эстонской валюты была в восемь раз меньше. Это почти спровоцировало международный скандал: железными кронами оказались забиты немецкие торговые автоматы. В результате эстонцам пришлось изменить состав металлического сплава и цвет кроны.
Купюра номиналом в 5 крон – очень редкое явление в монетарной практике. На ней была изображена территория соседнего государства – замок Германа и российская Ивангородская крепость, разделенные рекой Нарвой. В то время Эстония претендовала на земли за Нарвой как "исконно эстонские".
На лицевой стороне всех купюр изображались исторические личности, имеющие отношение к стране: например, на 2 кронах было изображение антрополога, географа, академика Петербургской академии наук Карла Эрнста фон Бэра.
На обратной стороне – в основном исторические строения и памятники эстонского народа.
Когда грянул Евросоюз, тогдашнее правительство твердило о том, что переход с кроны на евро никак не скажется на ценах. Эстонскую крону меняли на евро по заранее известному всем курсу – 15,6466 кроны за 1 евро. Однако если в день перехода на евро в крупных магазинах цены действительно точно переводили в евро, то во многих небольших частных лавочках процветало мошенничество. Постепенно народ привык к новой валюте, хотя из-за скачущих цен это было непросто.
С января 2014 года поменять кроны на евро стало возможным только в музее Банка Эстонии.